Antibiotiques et microbiote : pourquoi les experts insistent pour ne pas les prendre sans nécessité

Qui n’a pas entendu parler ou fait l’expérience personnelle des effets d’un antibiotique ? On a tendance à croire que tous les antibiotiques mettent à mal notre microbiote (ce qui était autrefois désigné sous le nom de flore intestinale) en essayant de réparer une infection.

Il est vrai que ce n’est pas toujours le cas, comme l’explique à CuídatePlus la spécialiste en allergologie et microbiote de l’Unité Microbiote Vithas/Inmunomet, de l’Hôpital Universitaire Vithas Madrid Arturo Soria, Valeria Herrera-Lasso. « Il n’arrive pas toujours ni avec tous les antibiotiques ni dans toutes les microbiotes. Rappelons qu’il n’existe pas de microbiote idéal, mais que nous parlons de celui qui est divers et résilient. Celui qui sait se protéger lorsqu’il est attaqué et se réorganiser après l’attaque », précise-t-elle.

Quels antibiotiques endommagent le microbiote ?

Selon l’experte du microbiote, ceux qui peuvent effectivement altérer ces bactéries bénéfiques qui peuplent notre appareil digestif sont les antibiotiques à large spectre et qui, comme leur nom l’indique, agissent sur une variété de bactéries. Parmi eux figurent l’amoxicilline avec clavulanique, les céphalosporines ou la doxycycline.

De plus, de plus en plus de données scientifiques soutiennent l’idée qu’un déséquilibre du microbiote lié à l’utilisation continue d’antibiotiques “peut être lié à certaines maladies métaboliques telles que l’obésité ou le diabète, ou à des facteurs immunologiques, comme l’asthme ou l’allergie. De surcroît, l’organisme est plus sensible à cela plus tôt il a été exposé à ce médicament.”

Rôle du microbiote

Nous savons déjà que les bactéries bénéfiques qui résident dans notre intestin jouent un rôle très important pour notre santé. L’experte du microbiote entre dans les détails et nous explique leur utilité :

• Régule l’immunité intestinale.
• Prévient la colonisation de microorganismes pathogènes.
• Aide à la dégradation des aliments.
• Fournit des nutriments et des métabolites essentiels.
• Est impliquée dans l’homéostasie énergétique.

Utilisation des probiotiques

Dans le cas des antibiotiques à large spectre, l’experte du microbiote indique qu’il pourrait être utile de prendre des probiotiques — des micro-organismes vivants qui bénéficient à l’organisme et rétablissent l’équilibre — afin d’atténuer l’effet. « Bien que cela n’assure pas une restauration complète. D’autre part, la rifaximine, bien qu’elle soit un antibiotique à large spectre, est largement utilisée pour traiter certains déséquilibres ou surcroissances microbiennes, car elle présente des propriétés eubiotiques (modifiant le moins possible le microbiote) et anti-inflammatoires, avec un faible profil d’effets indésirables gastro-intestinaux ».

(Foto: Magnific)

Consommation de sucreries

Une étude récente, publiée dans la revue scientifique Nature, suggère que la consommation de sucreries pendant un traitement antibiotique peut endommager encore davantage le microbiote intestinal. En effet, l’étude indique que « la combinaison d’un régime riche en sucres et du traitement antibiotique a provoqué une prolifération de la bactérie Enterococcus faecium, une espèce associée à des infections difficiles à traiter ».

Jonas Schluter, auteur de l’étude et professeur au département de microbiologie de NYU Langone Health, précise que l’étude a utilisé « des données provenant de plus de 9 000 repas consommés et suggère que modifier l’alimentation avant et pendant le traitement antibiotique, en particulier en réduisant les repas riches en sucres ajoutés, pourrait aider » à identifier les facteurs qui entraînent des effets sur la santé à long terme en modifiant le microbiote.

Concernant cette étude, Herrera-Lasso ajoute que la relation entre le sucre et les dommages au microbiote lors de la prise d’un antibiotique s’explique très simplement : « Le glucide (oligosaccharides, amidons…) est une source de carburant pour certains microorganismes. Attaquer le pathogène d’un côté et l’alimenter de l’autre n’a pas beaucoup de sens. Cela est très typique des infections fongiques ».

Que faire lorsque le microbiote est altéré ?

Il arrive que notre microbiote subisse parfois une disbiose (déséquilibre). Lorsqu’elle survient, il faut y remédier et pour cela certains aliments peuvent aider. Il s’agit d’aliments fermentés tels que le kéfir, les yaourts, la choucroute ou la kombucha. « S’ils sont de qualité, ils ont un impact positif en fournissant des nutriments pour promouvoir ou inhiber les membres du microbiote intestinal et/ou établir une résidence ou interagir avec le microbiote ».