Microbiote intestinal : alternative aux antibiotiques pour les surinfections bactériennes ?

Un nombre inquiétant d’infections bactériennes résistent de mieux en mieux aux médicaments. C’est ce que les dernières données GLASS* communiquées par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) font ressortir [1]. L’usage inapproprié des antibiotiques y a contribué, y compris durant la pandémie de COVID-19. Face à ce phénomène, les chercheurs publics et privés sont mobilisés pour développer de nouvelles stratégies thérapeutiques non-antibiotiques.

En France, des scientifiques viennent ainsi de découvrir une piste pour la prévention et le traitement des pneumonies bactériennes chez des patients atteints de la grippe.

Comment ? En intervenant directement sur le microbiote intestinal.

« (…) il est important de protéger les antimicrobiens dont nous disposons et d’en mettre au point de nouveaux pour traiter efficacement les infections (…) » souligne le Dr Tedros Adhanom Ghebreyesus, Directeur général de l’OMS.

Même si certains nouveaux antibiotiques montrent leur efficacité, il est probable qu’à terme, de nouvelles résistances se développeront. D’où la nécessité de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques non-antibiotiques.

En France, institutions de recherche publiques et privées sont mobilisées pour lutter contre la résistance aux antimicrobiens, qu’il s’agisse de l’Institut Pasteur dont la recherche sur l’antibiorésistance est l’un des trois axes prioritaires de son plan stratégique, ou de l’Inserm et ses partenaires, qui ont proposé des actions dans le cadre du « Programme prioritaire de recherche Antibiorésistance » lancé par le gouvernement en janvier 2020. Récemment, c’est vers le microbiote intestinal que les chercheurs se tournent.

Le microbiote hébergé par l’intestin d’un individu en bonne santé est composé d’un ensemble de micro-organismes : bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes vivant en harmonie avec les autres cellules du corps. Il contribue entre autres à notre défense immunitaire.

Cette symbiose peut être perturbée lorsque nous avons recours aux antibiotiques. L’intestin peut alors devenir un réservoir de pathogènes résistants aux antibiotiques, en particulier chez les personnes ayant subi un traitement antibiotique prolongé ou à la suite d’une hospitalisation de longue durée [2].

Des stratégies tendent à rechercher des traitements favorisant le renforcement du bon microbiote par l’élimination des mauvaises bactéries ou l’apport de bonnes bactéries. C’est le cas par exemple de la transplantation fécale, qui n’est pas sans risques ni effets secondaires.

De même, une modification de l’alimentation et l’usage de probiotiques et de prébiotiques, à manier avec précaution, peuvent également contribuer à jouer sur la répartition des bonnes et mauvaises bactéries intestinales. Toutes ces solutions doivent être étudiées plus avant. Mais déjà à Lille, des chercheurs ont découvert un traitement du microbiote permettant de lutter contre les surinfections bactériennes liées à la grippe.

Traiter les pneumonies bactériennes liées à la grippe autrement

La pneumonie bactérienne est une cause majeure de décès chez les personnes âgées ou vulnérables infectées par le virus de la grippe.

Des chercheurs français ont découvert pour la première fois, chez la souris, que les perturbations du microbiote intestinal liées au virus de la grippe favorisaient les surinfections bactériennes secondaires. Ils ont montré que la grippe modifiait de façon transitoire la composition et l'activité métabolique du microbiote intestinal probablement à cause de la réduction de la consommation alimentaire durant la maladie.

Lors de la grippe, la production d’acides gras à chaînes courtes, dont principalement l’acétate, par les bactéries du microbiote est également réduite. Or, ces acides gras favorisent à distance l’activité bactéricide des macrophages présents dans les poumons et participent de fait à la défense pulmonaire. Les scientifiques ont pu démontrer que cette sensibilité à la surinfection bactérienne pouvait être corrigée chez la souris par un traitement à l’acétate [3-4].

Manipuler le microbiote intestinal pourrait donc être une option intéressante pour éviter les surinfections bactériennes aux patients atteints de la grippe.

*GLASS : système mondial de surveillance de la résistance aux antimicrobiens créé en 2018, réunit des données de plus de 64 000 sites de surveillance, qui ont recruté plus de deux millions de patients dans 66 pays.

Sources

1. Un nombre record de pays communiquent des données révélant des taux inquiétants de résistance aux antimicrobiens - 1 juin 2020 Communiqué de presse OMS https://www.who.int/fr/news/item/01-06-2020-record-number-of-countries-contribute-data-revealing-disturbing-rates-of-antimicrobial-resistance
2. Feehan A, Garcia-Diaz J. Bacterial, Gut Microbiome-Modifying Therapies to Defend against Multidrug Resistant Organisms. Microorganisms. 2020;8(2):166. Published 2020 Jan 24. doi:10.3390/microorganisms8020166
3. Sencio V, Barthelemy A, Tavares LP, et al. Gut Dysbiosis during Influenza Contributes to Pulmonary Pneumococcal Superinfection through Altered Short-Chain Fatty Acid Production. Cell Rep. 2020;30(9):2934‐2947.e6. doi:10.1016/j.celrep.2020.02.013
4. Grippe : lutter contre les surinfections bactériennes grâce au microbiote. https://presse.inserm.fr/grippe-lutter-contre-les-surinfections-bacteriennes-grace-au-microbiote/38513/